Malgré toutes les initiatives de protection de l'environnement divers problèmes écologiques sont préoccupants sur l'archipel.
- La pollution liée à l'agriculture intensive (élevage bovin).
- La modification des paysages, construction de routes et infrastructures anarchiques.
- La déforestation et la plantation exclusive du Cryptoméria.
Les Açores disposent d'une vaste aire marine, avec une énorme variété de monts sous-marins, de volcans sous-marins actifs, d'écosystèmes complexes et de formes de vie. Les îles représentent les pics les plus élevés d'une complexe chaine de monts sous-marins situés sur la crête médiane de l'Atlantique.
Les monts sous-marins hébergent une richesse biologique exceptionnelle, en particulier le Banc D. Joao de Castro, un mont sous-marin localisé entre les îles de Sao Miguel et Terceira.
Les Açores représentent également une aire très importante pour l'étude des sources hydrothermales profondes. Récemment des communautés intéressantes ont été découvertes dans divers camps hydrothermiques comme Lucky Strike et Menez Gwen, situés dans la Zone Économique Exclusive des Açores.
L'organisation non-gourvernementale « World Wildlife Fund » (WWF) a attribué aux Açores le prix d'honneur « Gift to Earth » pour la contribution notable à la conservation des écosystèmes marins.
Des dizaines de réserves naturelles, de zones protégées, de parcs et zones forestières de loisirs englobant les 9 îles des Açores confirment la diligence du gouvernement régional en ce qui concerne la préservation des écosystèmes de l'archipel. Pour cela, les Açores ont reçu une mention d'honneur du Prix Européen du Tourisme et de l'Environnement.
Le Conseil international de Coordination du Programme de l'UNESCO « l'homme et la biosphère » (MAB) a classifié les îles Graciosa et Corvo comme réserve de Biosphère.
A part les réserves de biosphère, l'archipel possède des zones classifiées et reconnues à niveau international pour raisons de l'environnement comme le statut du réseau Natura 2000, Patrimoine de l'Humanité, zones RAMSAR et zones de protection marine à l'abri de la convention OSPAR.
Les 106 zones classifiées actuelles des Açores seront remplacées par 9 parcs naturels – un pour chaque île – et un parc marin.
Description de quelques unes de ces zones protégées:
Le monument naturel régional de la Gruta de Carvao (1) présente le meilleur potentiel touristique et didactique des Açores grâce à sa localisation, ses dimensions et sa structure.
Le monument naturel régional du Pico das Camarinhas, Ponta da Ferraria (2) correspond à un cone de scories de basalte, résultant d'une éruption. Sur le sommet, existe un cratère multiple élongée qui suit une orientation ouest-est, celle qui définit l'alignement tectonique radial du volcan central de Sete Cidades. Il convient de mentionner, en terme de botanique, l'existence au Pico das Camarinhas d'une des dernières formation de Faya Myrica Faya et de Bruyère Açorienne Erica azorica sur l'île de Sao Miguel.
La réserve forestière de loisir du Pinha da Paz ou Mata das Criaçoes (3), localisée dans la commune Faja da Cima, municipalité de Ponta Delgada, recouvre une superficie de 40 ha, et offre, à une altitude de 240 m, sur la ville et ses alentours.
Le paysage protégé de Sete Cidades (4) est une zone montagneuse très accidentée avec quelques falaises intérieures, des ravins profonds et des petites vallées où courent des torrents. La zone comprend une aire urbaine, la commune de Sete Cidades, des terres agricoles et des zones forestières de production de cryptoméria.
Le Pico das Éguas, avec ses 847 m, est le point le plus de cette zone.
Le cratère de Sete Cidades est une zone importante en espèces endémiques, en particulier en flore, le genévrier (Juniperus brevifolia), l'angélique (Angelica lignescens), le houx des Açores (Ilex perado ssp. Azorica) entre autres autres.
Le site d'importance communautaire de Caloura, Ponta da Galera (5) est le point le plus méridional de l'île de Sao Miguel. Ici nidifie une colonie mixte composée de environ 560 nids de Sterne pierregarin Sterna hirundo et environ 125 nids de Sterne de Dougall Sterna Dougallii et est, pour cela une des plus importantes colonies de l'archipel des Açores. A part les sternes, il existe également une colonie importante de Puffins cendrés Calonectris diomedea borealis.
La réserve naturelle de l'îlôt de Vila Franca do Campo (6) représente une importante zone de nidification et de passage pour quelques espèces d'oiseaux marins, comme le puffin cendré et le sterne pierregarin. Ici se trouvent des forêts naturelles de fayas, de bruyères, de fescus, et de saules. La richesse naturelle de cette réserve comprends également de nombreuses espèces d'algues et d'invertébrés.
La zone de protection spéciale du Pico da vara (7) est, avec son altitude de 1103m, le point le plus haut de l'île de Sao Miguel. Elle a un relief montagneux entrecoupée par de profonds ravins, a le statut de réserve forestière partielle depuis 1988 et, étant classifiée zone de protection spéciale, fait partie du réseau Natura 2000 avec une surface de 6,067 ha. Ici on peut observer le Priolo ou Bouvreuil des Açores Pyrrhulla murina, un oiseau terrestre rare, endémique des Açores et en risque d'extinction. On peut aussi observer le Pinson des arbres Fringilla coelebs moreletti, la buse des Açores (Milhafre) Buteo buteo rothschildi et le pigeon ramier des Açores Columba palumbus azoricus.
La réserve naturelle de Lagoa do Fogo (8) occupe l'énorme cratère d'un volcan, dans le sytème montagneux d'Agua de Pau, au centre de l'île, entouré d'une dense végétation endémique. Non seulement classifiée comme réserve naturelle, le site du lac Lagoa do Fogo et les terres adjacentes font partie du réseau Natura 2000, étant classifié site d'importance communautaire par la directive Habitats. On y trouve des espèces endémiques des Açores en particulier le Genévrier, le Laurier des Açores, la Frangule, l'Euphorbia stygiana, l'Hypericom foliosum et la Bruyère Erica azorica.
La Caldeira Velha (9) se trouve sur le côté nord de la serra de Agua de Pau, commune de Conceiçao, Ribeira Grande, à la périphérie de la réserve naturelle de Lagoa do Fogo, à une altitude moyenne de 350m et correspond à une aire de 11,975 ha. Ce monument naturel régional héberge quelques espèces endémiques comme la Bruyère Erica azorica, l'Hypericum foliosum, et la fougère Dryopteris azorica. Ses caractéristiques en font un lieu de grand intérêt naturel et de paysage.
